治疗排尿困难的药物比较多，但是需要根据排尿困难的病因，来选择药物治疗。男性排尿困难常见的病因，主要包括前列腺增生、尿道结石等。治疗上首选药物为α-受体阻滞剂，以坦索罗辛最为常用，能够有效的松弛平滑肌，降低尿路的动力性梗阻。

如为前列腺增生，还可以加用5α-还原酶抑制剂，以非那雄胺最为常用，可缩小前列腺的体积，减轻梗阻的症状。尿道结石患者还应加用排石的药物。

女性排尿困难常见于尿道炎、尿道肉阜等疾病。尿道炎以抗感染药物治疗为主，尿道肉阜药物治疗无效，应选择手术治疗。