如果发现肛门旁边长了一个肉疙瘩，而且疼痛，具体怎么治疗，要根据肉疙瘩的原因区别对待：

1.如果肉疙瘩是局部的皮脂腺囊肿合并的感染，可以选取敏感的抗生素积极抗炎对症治疗。如果局部有脓肿形成，还需要外科医师及时地切开引流，将脓性分泌物以及坏死组织彻底清理干净。

2.如果肛门旁边长个肉疙瘩而且疼痛，是尖锐湿疣导致，一般建议选取抗病毒药物对症治疗，必要时可以采取激光治疗去除病灶。

3.如果肛门旁边长个肉疙瘩而且疼痛，是痔疮导致的痔核脱出或者血栓性外痔，可以采取保守治疗的方式，比如高锰酸钾稀释液局部熏洗坐浴，以及痔疮栓、痔疮膏的局部涂抹对症治疗。