即使是轻度肥厚型心肌病也是不能自愈的。肥厚型心肌病属于遗传性疾病，为常染色体显性遗传，对于遗传性疾病目前没有根治的办法。

轻度的肥厚型心肌病大部分症状比较轻微，往往能够获得比较理想的寿命。但是有些肥厚型心肌病，特别是存在左心室流出道梗阻的肥厚型心肌病，常常可以出现心衰、心房颤动、导致栓塞，有些还会进展为终末期心衰，有些患者可以出现猝死，肥厚型心肌病是导致青少年和运动性猝死的主要原因。

肥厚型心肌病的治疗需要采取药物治疗为基础，对于有进行非药物治疗适应征的患者，可以给予手术治疗或者室间隔消融治疗。