眼睑鳞癌和基底细胞癌的细胞组织不同，眼睛鳞癌的癌细胞是鳞状细胞，而基底细胞癌来源于基底组织的上皮细胞。

病理组织不同是眼睑鳞癌和基底细胞癌的主要区别，患者其它的临床表现可以没有明显的区别。

眼睑鳞癌和基底细胞癌都可以表现为眼睑部位增生性的病变，有些患者可以表现为眼睑部位的溃疡。眼睑鳞癌很少出现局部色素的沉着，而基底细胞癌可以出现局部病变部位色素的加深，临床上对于二者可以通过病理学的检查进行鉴别，以上是眼睑鳞癌和基底细胞癌的主要区别。