做电子结肠镜主要的危害是出现肠穿孔，最常见的是乙状结肠穿孔，患者会出现腹痛、腹胀和腹膜炎的表现。

结肠穿孔一旦确诊，要立即手术治疗。还会出现出血，经保守治疗或镜下止血可以治愈。还会出现浆膜撕裂，也叫不完全穿孔，一般不需要特殊治疗，会自行愈合。

肠镜检查时，刺激肠管会出现肠绞痛，能够自行缓解；有严重冠心病和心律失常患者要慎行肠镜检查，以防止出现心血管意外；消毒不严还会发生感染，还有腹痛、腹胀、不舒服等症状。