太阳穴阵痛，多考虑可能与三叉神经痛有关，通常是由于神经产生脱髓鞘改变所引起。在三叉神经痛发作时，病人可表现为一侧太阳穴疼痛，如针扎样的阵发性疼痛，疼痛持续的时间并不一样，一般在一分钟以内便可很快缓解。

也可能为血管神经性头痛所引起。在血管神经性头痛发作时，可出现太阳穴阵发性疼痛，通常还可伴有视物模糊不清的先兆症状，通常在过度劳累或睡眠不足的情况下发作。

此外，还可能为颅内血管畸形所致。常见于先天性的颅内动脉发育异常，病人可出现一侧太阳穴阵痛，还可伴有病灶同侧的头部剧烈疼痛。