甲状腺功能亢进性心肌病的主要并发症与心肌损伤有关。所以该病的并发症有心律失常、心脏扩大、房室传导阻滞以及心力衰竭等。心律失常最常见的就是房颤。对于心脏扩大的患者，如果治疗的较早，扩大的心脏会逐渐恢复正常。治疗较晚并且病程比较长的患者，可能发生永久性心脏增大。并且随着疾病的发展，心脏负荷逐渐增大，发生心力衰竭的概率也会随之增大。这也是甲状腺功能亢进性心肌病患者发生猝死的因素。