吻合口溃疡最常见的症状是阵发性腹痛。晚上疼痛很严重，而且经常辐射到其他部位。腹痛时间长，但缓解时间短。吃东西或抗酸剂可以暂时缓解。食欲不振、恶心、呕吐和体重下降是常见的。

有些病人会并发穿孔、梗阻和出血。吻合口溃疡的治疗与十二指肠溃疡基本相同。当有效药物达到治疗剂量时，可改为维持剂量，可采用长期维持或间歇维持。如果内科治疗无效可以手术。手术方法以原手术为主，包括残胃切除、迷走神经切断、残窦切除。