肛门间歇性疼痛有可能是因为以下一些原因所导致：

第一，肛裂。主要为慢性肛裂或者陈旧性肛裂。由于慢性肛裂和陈旧性肛裂的裂口会形成慢性溃疡，而且裂口深达内括约肌。括约肌受裂口慢性炎症的刺激，就有可能会导致痉挛而引发疼痛，括约肌痉挛的疼痛呈间歇性发作，但疼痛大多比较剧烈，会让患者坐卧不安。

第二，肛窦炎。肛窦内的炎症也会刺激产生间歇性的疼痛，还会伴有肛门坠胀不适，频繁产生便意等症状。

第三，肛周化脓感染性疾病。比如肛周脓肿、肛瘘等，这些疾病也会引发患者出现肛门间歇性疼痛。所以患者需要去医院就诊，明确原因，再采取相应的治疗。