前列腺结石和肾结石之间最主要的区别，是发生部位不同。

前列腺结石是发生在前列腺内部的，一般情况下没有明显的临床症状，其发病主要与前列腺炎等疾病有关。对于年轻且没有症状的患者，前列腺结石一般是不需要治疗的，年龄较大合并前列腺增生的患者，在行前列腺电切手术之后，前列腺结石可排出。

肾结石是发生在肾脏之内的，体积较小的肾结石，一般可自行排出体外，如果在肾脏内不发生梗阻，一般也无明显的症状，较大的肾结石或造成梗阻，需进行手术治疗。