在通常的情况下，受过专业训练的采集人员做肛拭子的采样效率相对也是比较高的。但是采样的效率并没有做咽拭子高，因为肛拭子是需要让患者做到合理的配合，而且需要暴露患者的隐私部位。因此，需要的时间则相对较长。

采集肛门拭子的时候，要让患者取侧卧位或者向前趴着。双手要稍微分开患者的臀部，暴露出肛门。采集者用采集的专用棉棒的棒头，用生理盐水充分地蘸湿。然后沿着直肠壁插入肛门内，通常3~4cm即可。然后轻轻地旋转，整个采集的过程中大概需要10秒钟。

采集的过程虽然效率相对较低，但是不会对患者造成明显的不适。