耳朵半夜疼，首先考虑可能是急性中耳炎引起的症状，有可能是急性分泌性中耳炎，也有可能是急性化脓性中耳炎。同时会伴随着耳道分泌物增多，耳朵疼痛也会比较剧烈。

其次，有可能是外耳道疖肿，有可能是因为反复挖耳道造成。尤其是在疖肿早期时，疼痛比较明显。当形成脓肿，脓肿破裂以后，疼痛有所缓解。

另外，也有可能是因为耳道内进入异物导致。例如进入小飞虫之后，因为对耳道壁或鼓膜造成撞击，引起明显的疼痛。