核磁共振可以对全身多脏器、器官进行检查，能检查出的疾病相当广泛，比如做头部核磁共振检查，可以检出常见的腔隙性脑梗塞、大面积脑梗死。另外，对头部的脑膜瘤、胶质瘤、星形细胞瘤都可以做出明确诊断。

在上腹部的检查，比如肝硬化、脂肪肝、肝癌等，肝脏血管瘤在核磁共振下可以显示出典型的灯泡征。

除此之外，核磁共振在全身的肌肉、软组织方面的检查也有一定的优势，经常在膝关节、肩关节、踝关节的关节病变检查上应用非常广泛。