孕囊病理检查能查出什么是需要结合孕妇具体的情况来决定的。

在怀孕早期做人工流产时送病理化验，主要是考虑人流清除来的孕囊物质从肉眼看绒毛不典型，或者考虑葡萄胎时，送病理确诊排除病理妊娠。

另外，对于宫外孕的女性，当彩超检查提示也不完全排除宫内孕时，也需要做清宫手术送病理确诊。对于怀孕畸形或者是怀孕过程中胚胎发育不正常，或者之前做过流产，免疫因素的可能性会比较大。但也不排除是先天性因素或者是胎儿自身的染色体异常时，最好在人流时清除来的孕囊送病理，来检测孕囊的染色体的情况，了解病因。