肛瘘患者可以外用抗生素类的软膏，例如红霉素软膏、氧氟沙星软膏等，用于控制瘘管的感染，也可使用鱼石脂软膏进行排脓治疗。

但肛瘘使用药膏外用治疗效果欠佳，对于瘘管内出现相对严重的感染，使用外用药膏并不能很好地控制局部的感染，可能需要配合口服或者静脉使用抗生素。

还有肛瘘使用药膏或者使用抗生素治疗，仅能缓解肛瘘急性发作的症状，并不能完全治愈肛瘘。后期瘘管内还是会出现反复感染的症状，所以肛瘘患者应尽早行手术治疗。通过手术治愈肛瘘，防止症状反复发作。