肛瘘一般不会危及其他器官，也不会引起全身症状。

但如果伴有急性感染时，有不同程度的体温升高等全身中毒症状，而如果为结核性肛瘘，会伴有低热、盗汗、消瘦等。

但肛瘘时间久了，特别是病史超过10年以上的肛瘘，由于长期慢性的炎症刺激，有可能会导致局部组织恶变而形成肛管或者直肠的恶性肿瘤。而恶性肿瘤最大的特点就是会出现浸润或者转移。

当其转移到其他脏器时，就会导致相应脏器功能障碍，危害相应脏器的正常运行。虽然恶变的概率非常低，但还是建议肛瘘患者及时行手术治疗。