胚胎停止发育的原因是非常多的。绝大多数是由于胚胎本身发育不正常，也就是染色体异常引起的。还有如果有炎症、子宫的畸形或者子宫内膜的容受性不好。这些原因也都可能会发生胚胎停止发育。

如果是连续两次早孕六周的时候出现胚胎停止发育，是必须要做一下全面的查体。需要查男女双方的血型、染色体以及女方需要做抗体的检查，另外还有做优生五项的检查。

有时候可能会查出胚胎停止发育原因的，但是并不是所有的胚胎停止发育等能够明确原因，有时候也有不明原因的胚胎停止发育。