由于先天性肺动静脉瘘会导致持续的低氧血症患者还可以出现红细胞增多症、红细胞压积增高、血红蛋白增高。这会导致血液黏稠度增加和血液流速减慢。再加上病变处血管走行复杂，异常连接存在，可进而形成肺血管内的小血栓。由于病变处毛细血管床缺失，滤过功能消失，从而可以导致远处栓塞发生脑梗死。脑梗死有时甚至是肺动静脉瘘的首发症状。而且肺动静脉瘘还会让细菌更容易入侵，并通过肺部进入体循环导致脑脓肿的产生。