内异症的发病原因是很复杂的。 消化道内膜异位症属于发生在盆腔以外的子宫内膜异位症。有可能是体腔上皮化生来的。也有可能是子宫内膜通过血液循环、淋巴系统播散到了子宫远处的脏器，比如说肠道。这种疾病有可能和一部分遗传因素还有关系。 比如，有的家族当中可以出现多个女性患有子宫内膜异位症。也可以累及肠管。这种疾病有可能和女性免疫系统功能失调有一定的关系。