小儿早老症胸腺囊肿的症状是儿童出现了老人的面貌，并出现棕色老年斑，皮肤薄而干燥，有皱纹，小儿出现了典型的面容，脱发，皮下脂肪逐渐变薄，全身瘦削，面颊的脂肪也消失。

由于颜面骨及下颌骨特别小，头颅与前额相对地较大，眼眶较小故两眼突出，鼻子突出，耳朵常有畸形，两耳向前竖起，嘴唇较薄。

脱发由枕部开始，至3～5岁时几乎全部脱光，眉毛与睫毛也可脱落，牙齿发育延迟，并很早脱落，牙齿畸形，关节相对粗大并僵直，手指头短。