甲状舌管囊肿手术的风险有以下几种。

第一，术后出血。由于此手术的部位是咽喉部，所以若在手术过程中没有彻底止血，容易导致术后出现血肿压迫呼吸道，若不及时处理，有可能会引起患者的窒息感，甚至可危及患者的生命。

第二，神经损伤。除了术后出血，术中还可能会造成某些神经的损伤，而神经损伤是很难恢复的。

第三，术后复发。患者的甲状舌管囊肿手术中若没有彻底切除，有术后复发的风险。