晨尿颜色咖啡色，首先需要考虑尿液浓缩引起的尿液pH值变化。另外就是泌尿系统某种疾病导致。尿液里面有血液，使颜色变深，呈深褐色。

如果小便的时候伴随烧灼感、疼痛感，小便比较频繁，就需要考虑泌尿系统的感染，比如急性肾炎、急性膀胱炎会出现血尿。如果没有其他不舒服症状，还需要考虑肾脏肿瘤，饮水过少等原因。如果伴随腰痛、腹痛等症状，需要考虑泌尿系结石。

所以对于这种情况，需要去实体正规医院的泌尿外科就诊，完善尿常规、泌尿系彩超，必要时候还需要行泌尿系CT检查，明确诊断，然后针对性处理。