毛滴虫会感染人体阴道、肠道和口腔，也因此分为阴道毛滴虫、人毛滴虫以及口腔毛滴虫疾病。不同疾病种类其发病诱因不同，临床症状也有所不同。

一般阴道毛滴虫是因性接触传播，比如直接跟感染者同房，或是间接接触感染者使用过的物品等。患有阴道毛滴虫者，多数是无明显临床表现，有症状者会出现外阴瘙痒、红肿、分泌物增多、性交疼痛等。

而人毛滴虫和口腔毛滴虫是因身体免疫力下降、误食被污染过的食物和水、感染其他致病菌引起。