皮肤结核确诊可以进行细菌学检查，也是确诊结核病的金标准。

对于全身性粟粒性皮肤结核、结核性初疮、腔口结核性溃疡，可以直接涂片和组织切片中寻找结核分枝杆菌。对于疣状皮肤结核和寻常狼疮可以进行细菌培养，找到结核分枝杆菌。还可以进行病理学检查，如结核性肉芽肿反应，可以用于结核性初疮、寻常狼疮、疣状皮肤结核等病变确诊。

非特异性炎症反应，可以用于如结核性初疮早期、腔口结核性溃疡、全身性粟粒性皮肤结核等病变的诊断。