三十六味地黄丸以补肾阴为主，所以其主要功效为滋阴补肾、填精益髓、温经通络，并可益气养血、补髓生精、还可提神健脑和驱寒散邪。

主要用于治疗肾虚不足所引起的肾阴亏损、腰膝酸软、阳痿早泄、耳鸣头晕、失眠健忘、遗精盗汗、骨蒸潮热、男性功能障碍等症。服用本药物的患者，需忌食不易消化的食物，如果有感冒发烧期间，也不宜用药。

另外，若患有慢性疾病，比如高血压、糖尿病、心脏病、肝病、肾病较严重的患者，需在医师指导下服用本药物。