肛门脱垂的治疗方法与脱垂的严重程度及患者的年龄有很大关系，如果患者为儿童，出现肛门脱垂的症状后，要及时的将脱出的直肠用手还纳进肛门内，也要防止小儿哭闹，避免出现腹压增高，随着身体的逐渐发育，小儿肛门脱垂可能会自愈。

如果肛门脱垂的患者为成年人，脱垂不太严重，可使用硬化剂进行注射。

如果肛门脱垂比较严重，影响到了患者日常的生活与工作，其他疗法效果不佳，应考虑进行手术治疗，在手术以后，大多数患者预后较好。