腰疼发烧后，应首先进行退烧治疗。引起发烧多是上呼吸道感染造成，可以给予抗炎、抗感染治疗，应用抗生素及退烧药进行降温治疗。全身肌肉关节在身体高烧后造成的局部疼痛，在体温控制后会逐渐缓解。

如果伴有基础性腰部疾病，如肌肉损伤及腰椎病变等，在控制体温后可以给予局部理疗缓解，必要时可以应用非甾体类药物治疗。

如果发烧腰疼合并存在，可能是脊柱感染造成的症状。如腰椎感染，需要完善X线、CT及核磁共振检查进行诊断，应用抗生素治疗，必要时还要行手术将病灶切除。