如果出现牙根底部的疼痛，可能跟以下原因有关：

1.牙龈炎。这是临床上常见的诱发牙根底部隐隐作疼的原因。该病的发生可能跟口腔细菌的大量繁殖、吸烟、刷牙方式不正确有关。

2.牙周炎。牙周炎也可引起牙根底部的隐隐作痛，这种情况的发生可能跟牙菌斑、牙石、创伤性咬合、食物嵌塞有关。

建议尽快去医院的口腔科就诊，通过完善相关的检查，可以确定是何种原因引起的牙根底部隐隐作痛。遵医嘱使用非甾体类抗炎药物，可减轻局部的疼痛。如果病情较为严重，药物保守治疗效果不佳，可能需要接受手术治疗。