先天性肺囊肿继发感染以后要进行积极的抗感染治疗。首先在疾病的初期可以选择广谱的抗生素进行应用，要足量用药，根据病人状态动态的进行调整。

用药期间要监测体温，定期复查血常规，观察炎性细胞的水平。对于有条件的可以进行细菌培养和药敏实验，选择敏感的抗生素进行积极的治疗。

抗炎治疗并不能从根本上解决疾病的问题，以后还有可能反复出现。因此在炎症控制以后要进行详细的检查，包括相关的影像学检查，评估病人的状态，有手术条件还是要进行手术治疗，从根本上解决肺囊肿的问题。