给胎儿做核磁共振是没有什么影响的，因为核磁共振它的原理主要是利用外加磁场对人体进行扫描，所以它不同于放射线类的检查，对人体并没有辐射，对胎儿也属于相对安全的一种影像学检查。

一般怀孕中、晚期之后，如果超声检查发现胎儿有中枢神经系统，或者是胸腹部的系统的畸形，一般会选择让胎儿进一步做核磁共振检查来明确诊断。

因为普通的超声检查受胎儿运动，以及显示切面不清晰等影响，对于有一些疾病会显示得不那么清晰，但是核磁共振可以对所选择的脏器进行多平面、多方位的成效，而且它对软组织的分辨率特别高，所以对中枢神经系统以及胸腹部系统的疾病，有着独特的诊断价值。