在临床上，支气管腺瘤的治疗主要是采取手术治疗，肿瘤的切除范围还是要看肿瘤生长的部位以及所累及的肺脏的情况。一般建议要彻底地切除肿瘤，并且清扫肿瘤附近可疑肿大的淋巴结，手术当中尽可能保留正常的肺组织。考虑到患者的生活以及生存质量、减少并发症，所以要避免全肺切除。

电灼或激光治疗等支气管内切除术，只适用因内科禁忌证而不能进行剖胸手术的患者。

手术切除后5年生存率达95%，若局部淋巴结转移，5年生存率为57%至70%。