卵巢囊肿的形成有不同的原因，有些女性卵巢囊肿是生理性的囊肿，一般在月经的后半期，也就是在黄体期，在黄体形成之后导致黄体囊肿的形成，这种情况是生理现象，也不需要进行特殊的处理。

另外一种情况，是卵巢的子宫内膜异位囊肿，它是由于异位的内膜组织着床种植与卵巢组织造成的卵巢的囊肿和纤维化，形成的卵巢局部的子宫内膜异位囊肿。这种囊肿是由于囊内有内膜异位的内膜组织，同时出现内膜组织的反复的出血，造成囊内陈旧性血液的积聚形成囊肿，还可能会由于囊壁的厚薄不一，造成反复的破裂。

再有就是卵巢的炎性囊肿，由于慢性盆腔炎形成的卵巢和输卵管，包括粘连，形成的卵巢的炎性肿物。