高锰酸钾通过氧化菌体的活性基团呈现杀菌的作用。

高锰酸钾，能有效杀灭各种细菌繁殖体，真菌、结核杆菌，也能灭火乙型肝炎病毒和芽孢，但对芽孢作用需要较长时间。

有机物加热在酸或碱性条件中，均能加速氧化反应，在不同ph值条件下，氧化反应有所区别。

在酸性溶液中，本身被还原为二色的二价锰化合物、在中性或碱性溶液中，被还原成褐色的二氧化锰和蛋白复合物沉淀。

低浓度具有抗菌、收敛、止血、除臭等功效，高浓度则有刺激性与腐蚀性，其抗菌作用比过氧化氢强，临床上主要用作急性皮炎或急性湿疹，特别是伴继发感染时。

清洁溃疡或脓疡，口服吗啡、阿片、马钱子碱或有机毒物等中毒时，洗胃及蛇咬伤急救治疗，也可用于水果，食具等的消毒。