含牙囊肿是否会破坏骨质，与具体情况有关。智齿埋伏在颌骨内，形成含牙囊肿时，如果处于静止状态不会破坏周围骨质，没有明显疼痛等症状出现。

如果含牙囊肿体积逐渐增大，随着时间的推移囊壁可挤压周围的牙槽骨，使骨皮质变薄，波及的多数牙齿发生松动甚至脱落，颌骨膨隆，颌面部出现明显不对称。

有些含牙囊肿能够突变形成肿瘤，造成骨质的大范围破坏，X片呈现明显的低密度阴影，肿瘤生长速度逐渐加快时可造成颌骨骨折。