对于尿道与阴茎结核的病因主要有三方面：

一、是由于泌尿系统播散引起。

二、是由于生殖系统播散引起。

三、是由于血行播散引起。

对于尿道与阴茎结核本身是存在泌尿系统当中，因此，如果患者存在肾结核，会导致结核分支杆菌进入到肾盂、输尿管、膀胱、尿道，从而引起尿道结核。如果患者本身存在生殖系统结核，如前列腺结核或者睾丸、附睾结核，那么结核分支杆菌顺着管道进入到尿道，导致尿道结核形成。同时，患者如果存在肺结核或者其他部位结核，也会由于结核分支杆菌通过血行感染导致海绵体结核分支杆菌的定植，导致阴茎结核的产生。