干燥综合征的危害主要是会随着病情进展，导致全身多系统多脏器的损害，并且出现复杂的症状。比如危害到肺脏时，可以导致肺间质病变，出现慢性干咳、气短，甚至导致肺动脉高压，影响到生活质量。

还可能危害到消化系统，导致萎缩性胃炎、消化不良、吞咽困难，肝脏、胰腺等的病变。累及到肾脏时，可以出现肾小管酸中毒，导致低血钾性肌肉麻痹，严重者出现肾钙化、肾结石以及软骨病、肾性尿崩等。

还可能累及到血液系统，严重时可以并发恶性淋巴瘤，而危及生命。