长期发烧查不出原因，需要去综合性三甲以上医院进行检查，以尽快明确诊断和治疗。

长期发烧最常见的还是肺结核、肺部肿瘤，还有就是一些真菌感染等。所以应该首先从这些方面进行查找，检查胸片或肺部CT、结核抗体、结核菌素试验、肿瘤标志物等，排除结核及肺部肿瘤或肺癌等。

再就是要排除一下风湿病，结缔组织病、血液病、免疫性疾病、甲状腺疾病，还有艾滋病等，需要进行相关的辅助检查才能确诊。

所以，如果出现长期发烧原因不清，由于地方医院条件有限，需要去三甲医院检查确诊。