儿童咳嗽、反复发烧是因为疾病还没有完全控制住，所以出现反复发烧。要查明引起咳嗽、发烧原因，细菌感染引发，要给予头孢类或青霉素类抗生素控制炎症。支原体感染引起，可以给予大环内酯类药物治疗，同时可以采取雾化吸入、止咳药物治疗。

也可能免疫力比较低，首次治疗已经治愈，但受到细菌或者病毒再次感染，又会出现咳嗽、发烧。

除对症、对因治疗之外，必要时可给予提高免疫力药物治疗，能促进病程缩短，使疾病快速恢复。