肺炎球菌脑膜炎起病急，有高热、头痛、呕吐，约为85%的病人会发生意识障碍，表现为谵妄、嗜睡、昏睡、昏迷等。脑神经损害约占50%，主要累及动眼神经和面神经、滑车及外展神经也可以受累，皮肤瘀点比较少见。

颅内高压症以及脑膜刺激征与其他化脓性肺炎相似，该病的患儿较多，通常会表现为惊厥、嗜睡、极度的烦躁不安、厌食、喷射性呕吐、感觉过敏、突然尖叫、双目发呆，惊厥较成人为多，可呈现为角弓反张。在体检时可以发现前囟饱满，但如有脱水的病人，则表现不明显。