口腔念珠菌感染的病因有病原菌的毒性和类型，念珠菌毒性的强弱取决于毒性物质的代谢产物，容易发生在口腔是因为念珠菌对口腔黏膜的上皮细胞有较强的粘附性。

宿主的防御功能比较低的时候也容易感染，常见于半岁以内的婴幼儿，最常见的就是鹅口疮。使用一些药物或者其他因素对机体防御力产生了影响，比如皮脂类固醇激素的滥用，常常容易引起念珠菌的感染。

广谱抗生素可以造成菌群失调，破坏人体消化道内的细菌和真菌的平衡状态，有利于念珠菌的生长。