宝宝长牙的时候发烧39℃，主要是由于以下几种因素导致的：

1.由于在长牙的时候，孩子的牙龈会有瘙痒的现象，此时孩子会忍不住咬一些东西，长期如此就有可能会接触细菌，所以可能会诱发感染的现象，此时就会引起发烧的症状。

2.由于在长牙的时候，牙齿顶破牙床的上皮组织以后会有微小的创口，在这时如果没有注意口腔的清洁卫生，就有可能会导致孩子出现感染的现象。在发生感染时，就会引起发烧的症状以及表现。

孩子在长牙的时候发烧，要及时地采取处理措施。发烧39℃属于高烧，要及时地进行血常规检查、C-反应蛋白检查以及采取降温措施。