患有真菌性肠炎的患者主要的病原体是白色念珠菌。由于白色念珠菌寄生于患者的肠道粘膜内，也是属于正常菌群的一种，但是在某种病情的情况下，引起患者机体免疫力低下，就会造成患者肠道内菌群失调，从而引起白色念珠菌繁殖增生，就会引起真菌性肠炎的病情发作，容易引起这种疾病诱发的因素主要包括有:病人患有严重的肝肾疾病，粒细胞缺乏症或者恶性肿瘤病变时引起的免疫功能低下，可以引起真菌性肠炎的病情发生。

有的患者是由于使用抗生素、肾上腺皮质激素、化疗药物、免疫抑制剂、放疗等治疗方法，也可以引起患者的体质下降，机体免疫力减弱，从而引起菌群失调，真菌大量繁殖，引起疾病的发生，在病人出现有痢疾，肠梗阻，食管脓肿等病情发生时，也可以引起真菌性肠炎的发生；由于真菌性肠炎是由各种原因所引起的，免疫力低下，导致的病情发作，所以建议患者平时需要注意增强体质，提高机体免疫力，可以有效的减少疾病的发生。