自然流产的基本病因，目前临床上以及各种科学研究均支持孕囊，或胚胎染色体异常，会导致流产几率增高，并且染色体异常占所有流产几率的70%以上。

导致自然流产的因素，还有母体因素，比如如果母体有比较严重的全身感染性疾病，免疫性疾病，以及比较严重的盆腔炎，都有可能会引起胎儿发育异常，导致自然流产。

如果母亲生殖器先天发育异常，比如存在双角子宫、单角子宫、纵隔子宫孕囊在宫腔内着床之后后期生长空间不足，也会发生自然流产。

同时母体伴有比较严重的内分泌疾病，比如多囊卵巢综合征，卵巢不能够分泌足够量的孕激素维持胎儿的正常发育，在胎盘没有建立之前就会发生自然流产。