男性患者发生尿道流脓的情况时，一般是发生了严重的感染，由于尿道是泌尿系统及生殖系统的共同通道，所以泌尿系感染及生殖系感染都可能出现尿道流脓的情况，具体病因需要结合患者的具体情况，以及相关检查综合判断。

如果患者有会阴部胀痛、睾丸红肿痛、脓性精液等临床表现，则是由于生殖系统感染导致，可完善生殖系统彩超及精液常规、前列腺液常规等检查，以明确诊断和指导治疗。如果伴有尿频、尿急、尿痛及脓尿等临床症状，则是由泌尿系感染引起，需要尿常规、尿培养及泌尿系彩超等检查。

无论是哪个部位的细菌感染，都需要结合细菌培养结果，选择敏感抗生素积极抗炎治疗。