由于卵巢囊肿的具体类型不同，所以卵巢囊肿的危害就会有一定的差异。

对于生理性黄体囊肿的女性，通常可能没有特殊的危害，只有极少部分黄体囊肿的女性，可能会在同房刺激以后，导致卵巢囊肿破裂或者扭转的现象，同时会引起下腹部疼痛的症状。

如果是盆腔炎症导致的卵巢炎性囊肿，或者是子宫内膜异位到卵巢上引起的巧克力囊肿，最常见的危害就是会导致腹痛，而且可能会影响女性的生育功能，所以一般卵巢囊肿超过5厘米，建议手术治疗。