先天性胆总管囊肿有癌变的可能。

先天性胆总管囊肿是因为在胎儿胆管发育时期，由于胰胆管介入异常，导致出现了胰液的反流。在胆管发育过程中，胆总管异常囊肿扩张，也会导致先天性胆总管囊肿。

首先，因为先天性胆总管囊肿，所以胰液反流至与胆液合流异常从而引起胆管黏膜损伤。

其次，胆汁异常进入胰腺内，会破坏和损伤胰腺组织。

最后，先天性胆总管囊肿也容易引起急性和慢性的胆总管结石。

在长期的慢性刺激下，先天性胆总管囊肿癌变的几率大大增加。