头孢丙烯属于第2代的头孢菌素类药物，而头孢克肟属于第3代头孢菌素类药物，这两种药物在抗菌谱方面有差别。

头孢丙烯对革兰氏阴性菌的抗菌作用较差，只对极少数的革兰氏阴性菌有一定作用，但对于革兰氏阳性菌有较强的抑菌杀菌作用。而头孢克肟对革兰氏阴性菌有强大的杀菌作用，但是对革兰氏阳性菌的作用却相对较弱。

这两种药物在临床用药方面：头孢克肟常用于胆系感染、泌尿及生殖系统感染疾病的治疗；而头孢丙烯较常用于治疗上、下呼吸道的感染性疾病，以及皮肤软组织感染等。