肛裂会导致排便时疼痛，肛裂的裂口会在排便时受到粪便的摩擦而引发疼痛症状。排便时肛门扩张，肛垫下移也会牵拉到肛裂的裂口引起排便疼痛。

临床上按病史的长短将肛裂分为急性肛裂和慢性肛裂，急性肛裂的疼痛和慢性肛裂的疼痛会有所区别。急性肛裂的疼痛大多表现为排便时肛门的疼痛症状，便后短时间内疼痛症状即能缓解，不会持续很长时间。

而慢性肛裂会导致周期性疼痛，疼痛时间比较久，有些在排便后疼痛还会持续几个小时，甚至一整天，因为慢性肛裂持续的疼痛是由于肛门内括约肌受刺激引发痉挛所导致的。