鉴别卡他莫拉菌感染，首先患者会出现呼吸道黏膜的症状。有患者出现咳嗽、出现流鼻涕、出现流眼泪、头痛等症状的时候要高度注意被卡塔莫拉菌感染的可能性。因为卡他莫拉菌就是容易感染这些上呼吸道的黏膜，所以患者会出现中耳炎、鼻炎、上颌窦炎、结膜炎等。

当然也有一部分出现下呼吸道感染的，如出现肺炎的患者，经过血常规的检查以及胸片的检查，基本上就可以得到临床诊断。

确切诊断还是进行细菌检测，来确定是不是被感染了卡塔莫拉菌。