输卵管囊肿可能会影响到怀孕。这是因为囊肿长在输卵管内，可能就会引起输卵管腔的狭窄。所以就会影响卵子和精子的相遇以后的结合，也可能会影响到受精卵在输卵管内的游走。

对于输卵管囊肿特别大的女性，如果长时间备孕没有办法正常怀孕，可能需要先做手术将输卵管囊肿摘除之后，再考虑做输卵管的造影检查，确定输卵管是否在通畅状态。

只有输卵管在完全通畅的情况下，女性才有可能怀孕，而且才有可能正常地出现宫内孕。如果输卵管通而不畅，可能会出现宫外孕。